Peptitler Ve Proteinler

1
PEPTIDLER
Prof. Dr. Kader KÖSE
2
PEPTIDLER
Amino asitlerin ?-amino ve ?-karboksil
gruplarinin peptid baglari ile birbirlerine
baglanmasiyla olusurlar
Lineer amino asit polimerleri
3
Peptid Bagi Olusumu
4
Peptid Bagi Olusumu
Glisilalanin (Gly-Ala)
5
DIPEPTID GLISILALANIN
6
Peptidlerin Siniflandirilmasi
PEPTIDLER, peptid bagi sayisina göre degil, AA
sayisina göre siniflandirilirlar
7
Peptidlerin Siniflandirilmasi
OLIGOPEPTID Birkaç AA(AA sayisi ? 10)  
POLIPEPTIDBirçok AA(AA sayisi ?10 - 12)   
PROTEIN AA sayisi ? 40 (mol.Ag 5000)  
Proteinler bir ya da daha çok polipeptid
zincirinden olusabilirler
8
Peptidlerin Özellikleri
Tripeptid Fenilalanil lösil - treonin
(Phe-Leu-Thr)
Rezidü (amino asit artigi) Peptid/protein
yapisina
katilan amino asit
9
Peptidlerin Özellikleri
Tetrapeptid Alanil-tirozil-Aspartil-Glisin
(Ala-Tyr-Asp-Gly)
10
Peptidlerin Iyonizasyon Davranislari
Fizyolojik pHda, Peptid (amid) bagi
yüksüz Peptidler yüklü
Peptid bagini olusturan amino ve karboksil
gruplari, peptidlerin asit-baz özelliklerine
katkida bulunamazlar 
Peptidlerin asit-baz özelligi -Amino ve
karboksi terminaller -Iyonize yan zincirlerin
sayisi ve cinsi
11
Peptidlerde N- ve C-terminal gruplar, ayni
?-karbon atomu üzerinde bulunmadiklari için
C-terminal COO- gruplari, türedikleri amino
asidin karboksil grubuna göre, daha zayif
asittir (pK ? )
N-terminal NH3 gruplari, türedikleri amino
asidin amino grubuna göre, daha güçlü asittir
(pK ? )
12
Noniyonize yan zincir tasiyan peptidlerin Iyonizas
yon sekilleri
13
Iyonize yan zincir tasiyan peptidlerin
Iyonizasyonu
Alanil - glutamil - lizil - sistein
14
Peptid baginin çift bag karakteri
Rezonans yapilari
Kismi çift bag karakterine sahip olan peptid bagi
düzlemseldir
Peptid bagi ve ?-C atomlari ayni düzlemde bulunur
15
Peptid baginin düzlemsel karakteri
Peptid baglari nedeniyle, polipeptid zincirin
2/3 ü sabit bir düzlem içinde tutulur ?
Yari-kati (sert) yapi

??? Protein yapisinin
düzenlenmesi
16
Peptid baginin düzlemsel karakteri
17
Düzlemsel (hareketsiz) peptid baginin
etrafindaki atom gruplari cis/trans izomerizm
gösterirler,
Trans (Tercih edilen konfigürasyon)
Cis (x-pro siralanisi)
Komsu ?-C atomlari arasindaki uzaklik 0.3 nm
18
Alfa - Karbon Etrafinda Rotasyon
Peptid bagi düzlemi hareketsiz olmasina ragmen,
? - karbon etrafindaki rotasyon polipeptid
zincirine esneklik kazandirir
19
Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonlari
Asit / Baz Hidrolizi
6 M HCl 110C, 24 h
Peptid/Protein
Serbest Amino Asitler
Peptid bagi hidrolizi, proteinlerin AA dizisinin
belirlenmesi için gerekli bir basamaktir
20
Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonlari
Enzim Hidrolizi Proteazlar -Endoproteazlar
Tripsin, Kimotripsin, pepsin
-Ekzoproteazlar Aminopeptidaz,
Karboksipeptidaz -Papain (in vitro sartlar)
21
Fizyolojik Olarak Aktif Peptidler
Peptid Peptid Peptid AA sayisi AA sayisi AA sayisi AA Dizisi
Karnozin Karnozin dipeptid dipeptid dipeptid Histidil-ß-alanin Histidil-ß-alanin
Anserin Anserin dipeptid dipeptid dipeptid Metilhistidil-ß-alanin Metilhistidil-ß-alanin
Glutatyon (GSH) tripeptid tripeptid tripeptid ?-Glutamil-sisteinil-glisin ?-Glutamil-sisteinil-glisin ?-Glutamil-sisteinil-glisin
Bradikinin Bradikinin Bradikinin nanopeptid nanopeptid nanopeptid
Kallidin (Lizil-bradikinin) Kallidin (Lizil-bradikinin) Kallidin (Lizil-bradikinin) dekapeptid dekapeptid dekapeptid
22
GLUTATYON
?-Glutamil sisteinil - glisin
23
PEPTID YAPILI HORMONLAR
HORMON HORMON PEPTID AA Sayisi
TRH Tripeptid Tripeptid 3 AA
Enkefalinler Pentapeptid Pentapeptid 5 AA
Glukagon Polipeptid Polipeptid 29 AA
ACTH Polipeptid Polipeptid 39 AA
Insülin Polipeptid Polipeptid A zinciri 21 AA B zinciri 30 AA

24
Dipeptid Aspartam (Suni tatlandirici)
SENTETIK PEPTIDLER
(amino asitlerin D-enantiomeri)
Aspartil-fenilalanin metil ester
(Asp Phe - OCH3)
Polipeptid Farmakolojik preparatlar
- Antibiyotikler
- Antitümör ajanlar - Bazi
hormonlar(Insülin)
25
PROTEINLER
26
PROTEINLER
Organizmada en yüksek oranda bulunan
makromoleküller
Amino asitlerin lineer polimerleri
27
(No Transcript)
28
PROTEINLER
lineer polimerler

• .

29
PROTEINLER
Her proteinin spesifik bir fonksiyonu
vardir Biyolojik fonksiyonlar, 3 boyutlu yapiya
baglidir
3 boyutlu yapi, lineer polimerlerin çok farkli
sekillerde katlanmasi ve kivrilmasiyla olusur
30
3 boyutlu protein yapilari

• Kompleks
• Molekül agirligi büyük
• Birden çok polipeptid zincir
• içerebilir
• Nitrojen miktari (amino asitlerin
• NH2 gruplari) sabit (Proteinin17si)

31
Bazi Protein Yapilari
Protein Molekül Ag Molekül Ag AA sayisi Zincir sayisi
Insülin Insülin 5700 51 2
Miyoglobin Miyoglobin 16 890 153 1
Albümin 66 000 66 000 550 1
glutamat dehidrojenaz (GDH) glutamat dehidrojenaz (GDH) 1 000 000 8300 40
32
Protein yapisina katilan AAlerin Ortalama Molekül
Agirligi
AAlerin ortalama mol ag 128 Peptid bagi
için su çikisi 18 Protein - AA
mol ag 110
H2O mw18 protein AA sayisi protein mol
Agirligi
110
33
Proteinlerin Siniflandirilmasi
Siniflandirmada kullanilan özellikler
-Sekil -Yapi
-Çözünürlük -Biyolojik
fonksiyon
34
Proteinlerin Sekli
Proteinler, eksen oranlari(uzunlugun genislige
orani)na göre,2 grubu ayrilirlar
Globuler proteinler Eksen orani ?10
genelde 3-4 Fibröz ProteinlerEksen orani ?10
35
Globüler proteinler
Sikica katlanmis helezon seklinde polipeptid
zincirlerden olusur Örnek Albumin,
Miyoglobin (Proteinlerin büyük kismi, bu
gruptadir)
36
Fibröz Proteinler
Spiral veya heliks seklinde kivrilmis,(kovalent
ve H baglariyla çapraz baglanmis) zincirlerden
olusurlar Bitkilerde bulunmazlar. Örnek Bag
dokusu proteinleri Kollajen,
Elastin, Keratin Miyozin Kas proteini
Fibrinojenpihtilasma proteini
37
KollajenBirbirine sarilmis 3 polipeptid
zinciri (üçlü heliks)nden olusur
Memelilerde total proteinin 30unu teskil eder
Gly,Ala,Pro,Lysden zengindir
Proteolitik enzimlere karsi dirençlidir
38
Proteinlerin Yapisi
Proteinler yapilarina göre, 3
grupta toplanirlar
Basit proteinler Konjuge proteinler Türev
proteinler
39
Basit proteinler Hidroliz edildiklerinde
sadece L-?- amino asitleri veren,saf
proteinler Ör Albümin
Türev proteinler Isitma, hidroliz,
asidifikasyon, vb islemlerle modifiye olan
proteinler Ör bazi pepton ve peptidler
40
Konjuge proteinler
L-?-amino asitlerin yani sira,baska kimyasal
gruplari (prostetik grup)da
içerirler
Glikoproteinler protein COH grup
Karbohidrat(oligosakkarit) ünitelerini içerirler
Örnek membran proteinleri plazma
proteinleri(globulinler), Nükleoproteinler
proteinnükleik asit
(histonlar) (DNA,RNA)
41
Konjuge proteinler

• Lipoproteinler protein lipid
• ProteinApo(lipo)protein (Apo A,B,C...)
• LipidKolesterol,fosfolipid, gliserid
• ÖrnekPlazma Lp.leri ( HDL,LDL,VLDL)
• Fosfoproteinler Fosfatlarla ester yapmis AAleri
  içeren proteinler
• örnek Kazein-süt
• Vitellin-yumurta sarisi)

42
Konjuge proteinler
Hemoproteinlerproteinhem
(ferroporfirin) Örhemoglobin,miyoglobin,katalaz
Metalloproteinler protein metal
Cu- seruloplazmin Fe-transferrin,
ferritin Ca-kalmodulin
Zn-karbonik anhidraz
43
Proteinlerin Çözünürlügü
Proteinler Proteinler Çözünürlük
Fibröz ? ?
Globüler ? ?
Albüminler Su ve tuz çözeltileri Su ve tuz çözeltileri
Globulinler Su sinirli çözünürlük Dilüe tuz çözeltileri ? Doymus tuz çözeltileri? (Salting-out) Su sinirli çözünürlük Dilüe tuz çözeltileri ? Doymus tuz çözeltileri? (Salting-out)
Histonlar Su ve tuz çözeltileri ? Su ve tuz çözeltileri ?
44
Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

• Enzimler Metabolizmayi düzenleyen ve
• etkileyen globuler proteinler( genis bir
• protein sinifi)
• Biyokimyasal reaksiyonlari katalizlerler
• Substrat spesifiteleri vardir.
• .... az seklinde adlandirilir
• Eksiklikleri pek çok metabolik hastalikla
• sonuçlanir

45
Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

• Düzenleyici proteinler Fizyolojik
• aktivitenin düzenlenmesinden sorumludurlar
• ÖrHormonlar (insülin eksiklligi ? diabet)
• G-proteinler ? Hücre içi haberlesme
• Yapisal proteinlerKas, bag dokusu
• proteinleri, membran proteinleri
• Ör Kollajen (tendon and ligamentlerde)
• keratin (saç ve tirnakta)

46
Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu
Transport proteinleri Plazmada ve
membranlarda spesifik maddelerin veya
iyonlarin tasiyicisidirlar ÖrHb-O2,
miyoglobin-O2 Lipoprotein-lipid,
Transferrin-Fe Seruloplazmin-Cu, vb
Besin ve Depo proteinler Ovalbumin,
laktalbumin, kazein, ferritin
47
Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu
Kontraktil proteinler Kasilmayi ve
hareketi saglayan proteinler ÖrMiyozin - kalin
filament Aktin - Ince filament
Tübilin - membran iskeleti
48
Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

• ReseptörlerHücre içi haberlesmede
• rol oynarlar
• Öradrenalin için
• ß-adrenerjik reseptor
• Savunma proteinleri
• ÖrImmünoglobülinler Patojenlere
• karsi organizmayi korurlar
• Fibrinojen (Pihtilasma mekanizmasi)