infections respiratoires communautaires

1
infections respiratoires communautaires

• ED n 3

2
Pré-requis 1-Définitions

• Bronchite aigüe inflammation de la muqueuse
  bronchique sans atteinte parenchymateuse
• BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive)
  inflammation chronique des bronches. Les
  exacerbations peuvent être dorigine bactérienne
  et aggraver la BPCO
• Bronchiolite infection des bronchioles
• Pneumonie infection du parenchyme pulmonaire
  dévolution aiguë

3
Pré-requis 2 rappels anatomo-cliniques

• Voies aériennes supérieures
• flore abondante variable selon lâge et le
  terrain.
• Bactéries commensales (potentiellement
  pathogènes) strepto a, Neisseria spp.,
  Corynebacterium spp., Haemophilus spp. ,
  Staphylococcus spp. parfois Streptococcus
  pneumoniae (commensale des voies aériennes
  supérieures (5-10 de portage chez ladulte,
  20-40 chez lenfant), Haemophilus influenzae
• Voies aériennes inférieures
• Bronches et alvéoles pulmonaires normalement
  stériles
• Défenses mécaniques toux, cils
• Défense humorale IgA, lysozyme
• Défense cellulaire macrophages, polynucléaires

4
Pré-requis 3 épidémiologie/classification

• Bronchite aigüe
• 10 millions de cas/ an
• le plus souvent virale et contexte épidémique
• Diagnostic uniquement clinique
• Guérison spontanée
• Pas dantibiotique
• Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie
  chronique obstructive)
• 2 millions de cas par an
• Diagnostic difficile
• Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2
• Infection bactérienne probable si crachats
  purulents
• Bronchiolite nourrisson, virale

5
Pré-requis 3 Epidémiologie/classification

• Pneumonie aigüe
• 400 000 et 600 000 cas par an
• Le diagnostic repose sur des critères
• cliniques toux, dyspnée, douleur thoracique,
  expectorations, fièvre, râles crépitants
• radiologiques image lobaire, infiltrat
  interstitiel
• Microbiologiques
• Critères de gravité à évaluer âge, comorbidités,
  signes vitaux

6
Diagnostic microbiologique dune pneumonie

• Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous
  consulte pour une fièvre à 39C dapparition
  brutale associée à des frissons, une toux, des
  expectorations purulentes et une douleur
  thoracique unilatérale. Le patient présente des
  râles crépitants à lauscultation et une
  tachycardie gt 100/min. La radio thoracique montre
  une opacité alvéolaire

7
1 - Quelles sont les principales étiologies des
pneumonies communautaires ?

• pathogènes donnant souvent une pneumopathie
  franche lobaire aigüe souvent limitées à un seul
  lobe
• Streptococcus pneumoniae ( pneumocoque)
  (50)
• Haemophilus influenzae
• S. aureus
• pathogènes donnant souvent une pneumopathie
  interstitielle constituée dopacités diffuses
• Dans ce cas, les étiologies virales prédominent.
• bactéries de culture difficile dont
• Mycoplasma pneumoniae
• Tableau mixte
• Legionella pneumophila (10)

8
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?

• Aucun bilan microbiologique si faibles critères
  de gravité
• But de la culture bactérienne
• Identifier la ou les bactéries en cause parmi la
  flore
• Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux
  antibiotiques
• Type de prélèvement
• Variable selon limportance clinique, le contexte
  (ambulatoire, intubation, immunodépression)
• Transport rapide au laboratoire (germes fragiles
  et prolifération des bactéries commensales)
• Avant toute antibiothérapie

9
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?

• A- Prélèvements respiratoires
• Examen Cytobactériologique des expectorations
  (ECBC)
• Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après
  effort de toux si besoin aide dun kiné
• Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient
  souvent intubé)
• Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par
  sonde dintubation
• Prélèvement des sécrétions respiratoires basses
• Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage
  (BDP)
• Brosse de nylon placée à lintérieur dun double
  cathéter (sous fibroscopie)
• Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA)
• Injection et ré-aspiration de sérum physiologique
  (100 à 200 ml) sous fibroscopie

contaminé par la flore oropharyngée
10
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
Gélose au sang hémolysé ( gélose chocolat )
vitamines
Gram présence de germes (description)

• Cytologie
• bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si
• lt10 Cellules épithéliales/ champ
• gt25 Polynucléairesneutrophiles/champ
• nombre de cellules, formule, de cellules
  infectées (LBA)

11
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?

• Résultat des cultures (J1), significatif si
  pathogène
• 107 UFC/ml (ECBC)
• 105 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale)
• 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé)
• 104 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire)

12
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?

• B- Autres prélèvements
• Hémocultures si signes de gravité
• rarement positives (Positives dans 30 des
  pneumopathies à pneumocoques)
• Recherche dAntigène solubles (urines) Méthode
  immuno-chomatographique, Facile à réaliser et
  rapide
• Pneumocoque
• Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque.
• Très spécifique
• Sensibilité variable (Ag portage des lt 3 ans,
  BPCO, excrétion prolongée après infection)
• Legionella pneumophila sérogroupe 1 en cause
  dans gt 90 des cas spécificité
• PCR multiplex (dans certains laboratoires) virus
  Legionella pneumophila,  Mycoplasma pneumoniae,
  Chlamydia. pneumoniae

13
4- Quelles sont les spécificités du pneumocoque ?
producteur de pneumolysine colonies
a-hémolytiques (halot vert)
Diplocoque à gram positif Genre Streptococcus,
capsule polyosidique
(autres streptocoques commensaux optochine
résistants)
Résistance aux antibiotiques -Sensibilité
naturelle à la pénicilline et aux
céphalosporines. Depuis quelques années ?
mutation des PLP pneumocoque de sensibilité
diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en
fonction de lâge (60 chez lenfant) ? Détection
par disque doxacilline et/ou CMI à la
penicillineG, amoxicilline et cefotaxime.
? Traitement par Amoxicilline 3 g/j
Très nombreux sérotypes différents (vaccination)
14
Diagnostic bactériologique dune pneumopathie à
Mycoplasme pneumoniae

• Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi)
• Adhésion aux cellules respiratoires
• Culture longue et difficile
• Diagnostic microbiologique
• Sérologie IgG, IgM (séroconversion)
• PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou
  respiratoire
• Résistance naturelles aux bétalactamines
• Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne
  pénétration cellulaire cyclines, macrolides,
  fluoroquinolones

15
Diagnostic microbiologique dune legionellose
(Legionella pneumophila)
Aspect en verre fritté

• bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique
• Contamination par aérosols deau contaminée
• Diagnostic
• Recherche dantigène urinaire
• Legionella pneumophila sérogroupe 1 en cause
  dans gt 90 des cas
• Culture de prélèvement respiratoire sur milieu
  spécialisé
• Croissance lente (3 à 10 jours)
• Déclaration obligatoire (Enquête
  épidémiologique)
• Résistance naturelle aux bétalactamines
• Traitement macrolides ou fluoroquinolones (bonne
  pénetration intracellulaire)

Préciser sur la feuille de demande la recherche
de Legionella
16
Démarche de prise en charge globale dune
pneumonie

• Le diagnostic repose dabord sur la clinique et
  limagerie!
• Place du diagnostic microbiologique variable
• PAC sans hospitalisation pas de prélèvement
• Pneumonie avec hospitalisation
• hémocultures plts respiratoires /- Ag
  urinaires Legionella /-Ag pneumo
• Traitement
• Fonction de la sévérité, du terrain, de la
  bactérie
• Principes de base
• Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement
• Réévaluation à 48h
• Adaptation de lantibiothérapie à la bactérie
  retrouvée et antibiogramme

17
La coqueluche

• Bactérie responsable Bordetella pertussis ou
  accessoirement parapertussis
• Très contagieuse
• Infection bactérienne localisée à larbre
  bronchique
• Incubation 2-3 semaines
• toux persistante de plus de 7 jours par quinte
  ( champ du coq )
• peut être sévère chez nourrisson, femmes
  enceintes, sujets agés (surinfections
  pulmonaires)

18
La coqueluche physiopathologie

• Colonisation du tractus bronchique par des
  adhésines
• Production de toxines
• éliminations des cellules ciliées
• accumulation de mucus et réaction inflammatoire

19
La coqueluche

• Diagnostic clinique
• Confirmation diagnostique
• partir dune aspiration ou écouvillonage
  nasopharyngé
• 1ère semaine de toux culture (difficile, milieux
  spécifiques) cocco-BGN
• dans les trois premières semaines de toux PCR
• Sérologie 3 semaines après la toux
• Traitement macrolides
• Prévention
• Vaccination des enfants et adultes non vaccinés
• Rappel tous les 10 ans 

20
Evaluez-vous

• Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous
  consulte pour une fièvre à 39C dapparition
  brutale associée à des frissons, une toux, des
  expectorations purulentes et une douleur
  thoracique unilatérale. Le patient présente des
  râles crépitants à lauscultation et une
  tachycardie gt 100/min. La radio thoracique montre
  une opacité alvéolaire

• Quel diagnostic doit-on évoquer ?
• Pneumopathie à Pneumocoque
• Comment prouver cette hypothèse  ?
• ECBC , Antigénurie pneumocoque
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques
  ?
• Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae
• Quel traitement mettez-vous en place si votre
  hypothèse diagnostique se confirme ? Amoxicilline
  3g/j

21
Diagnostic microbiologique dune pneumopathie

• Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer,
  en France depuis 6 mois,
• consulte pour fièvre intermittente, toux et
  dyspnée, altérationde létat général,
  amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois
• Radio de thorax présence dune opacité dans
  lapex gauche mal systématisée

22
1) Quel diagnostic évoquez-vous ?

• Votre suspicion de tuberculose est forte devant
  
• Terrain
• homme jeune, étranger (pays à forte endémie)
• conditions socio-économiques difficiles
• Clinique
• la fièvre prolongée
• sueurs nocturnes
• amaigrissement
• symptomatologie pulmonaire toux
• résistance aux antibiotiques classiques
• Radiologie opacité dans apex gauche

23
Taux dincidence de la tuberculose dans le monde
WHO2011
24
Incidence, morbidité et mortalité liées à la
tuberculose,France métropolitaine, 1972-2010
25
2) Quel est la bactérie responsable de la
tuberculose ?
Mycobacterium complexe tuberculosis (Bacille de
Koch)
Ordre Actinomycétales
Genre Mycobacterium

• M. tuberculosis
• M. africanum (patient africain)
• M. bovis (bovidés) ? homme (aliments, lait cru
  ou contact)
• M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)
  souche vaccinale atténuée
• ? non virulente

Mycobacterium Leprae Bacille de Hansen
Mycobactéries atypiques (environnement)
Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies..)
Mycobacterium xenopi Mycobacterium marinum
(aquariophilie..) ...
26
3) Comment le patient sest infecté ? Vous
décidez de lhospitaliser quelles mesures
prenez-vous ?
Transmission de la tuberculose est inter-humaine.
goutelettes
tuberculose pulmonaire seule forme contagieuse
Lésion de tuberculose pulmonaire
contact
tuberculeux

• - Isolement respiratoire du patient
• Chambre seule, porte fermée, pression négative
• - Port de masque FFP2 obligatoire pour toute
  personne entrant dans la chambre

27
4) Quel est la physiopathologie de la maladie et
le pouvoir pathogène de la bactérie?

• Virulence Capacité de résister à la phagocytose
  et se multiplier dans les macrophages
• Inhalation du bacille tuberculeux puis
  implantation dans l'alvéole pulmonaire ?
  phagocytose par macrophage ? transformation en
  cellule épithélioïde ? formation dun granulome à
  cellules épithélioïdes centré par de la nécrose
  caséeuse lésion primaire
• à partir de la lésion primaire
• soit guérit spontanément
• soit sétend avec nécrose tissulaire et formation
  dune caverne riche en bacille
• Très contagieux
• Parfois, dissémination par les vaisseaux
  lymphatiques ou sanguins vers dautres organes
  rein, méninge, os (mal de pott) ganglion

28
Tuberculose infection et tuberculose-maladie
Sujet Contact dun tuberculeux
Contamination aérienne
Infection (virage IDR)
95
5 (dans les 2 ans)
Infection latente
Maladie 10
5 (réactivation)
Décès en labsence de traitement
29
5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer
votre diagnostic étiologique?

• 1/ Diagnostic d une tuberculose pulmonaire ( 73
  des formes cliniques en France)
• JO
• Prélèvement classique
• 3 crachats sensibilité
• expectorations ! pas de salive
• le matin à jeun, après rinçage de la bouche
• après effort de toux
• au moins 5 ml
• Attention si mal prélevé faux négatif
• Autres à faire si classique est négatif
• 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveil
• si négatifs prélèvements invasifs
• prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA
  et/ou AB)
• Et 3 crachats post fibroscopie

30
5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer
votre diagnostic étiologique?

• Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26 des
  cas de tuberculose en France)
• Recherche peut être effectuée selon localisation
  dans
• Liquides de ponction (LCR, liquide pleural,
  articulaire)
• Biopsies ganglion, osseuses, cutanés,
• Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé)
• - Urines (3 BK urines)

31
5) Quelle est la place du laboratoire dans le
diagnostic à J0?

• Travail sous poste de sécurité microbiologique de
  niveau 3 pour la manipulation du bacille de la
  Tuberculose
• 1/ Examen microscopique
• - après coloration de Ziehl-Neelsen
• ou coloration à lauramine (fluorescence)
• Les prélèvements non stériles sont décontaminés
  pour éliminer la flore commensale.
• non spécifique de la tuberculose et si
• - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non
  tuberculeuses
• - Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes

Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistan
ts peu sensible positif seulement chez 50 des
tuberculoses pulmonaires
32
5) Quelle est la place du laboratoire dans le
diagnostic à J0?

• Paroi riche en acides mycoliques non colorée
  par le GRAM
• Résiste aux agents chimiques

33
Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants
(BAAR) dans une expectoration

• Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X
  100

• Coloration à lauramine Microscope à fluorescence
  x 100

34
Mise en culture des prélèvements

• croissance très très lente, aérobie, milieux
  spécifiques, 37 C
• Milieux solides en tube
• Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos
• culture dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3
  mois
• Surveillance de la culture est non automatisée

• Milieux liquides
• MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) par
  exemple
• Surveillance de la culture est continue et
  automatisée
• - Les cultures sont rendues négatives au bout de
  6 semaines
• -Les cultures peuvent être positives en 12 Jours
  en moyenne (cas des prélèvements positifs à
  lexamen direct)

35
7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer
votre diagnostic ?

• Culture positive

- Milieu solide en 3s à 1 mois aspect
rugueux des colonies sèches, eugoniques
- Milieu liquide en 10 à 12 jours en moyenne
Coloration de Ziehl Présence de BAAR
Identification du M. tuberculosis complex par
recherche dantigène MPT64 spécifique ou par PCR
36
8) Quels vont être les antibiotiques testés ?

• Antibiotiques différents des antibactériens
  classiques
• Une caverne contient environ 108 bacilles et
  environ 102 à 103 germes sont demblée résistants
  à un antibiotique
• il existe des mutants R naturels au sein de la
  population
• lantibiotique ne tuera pas toute la population,
  il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB  pour tuer
  tous les bacilles et éviter lapparition de
  résistance secondaire
• ? Un antibiotique sera considéré comme efficace
  lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants
  préexistants demblée.
• 5 antituberculeux majeurs testés ( utilisés en
  pratique clinique)
• isoniazide
• Rifampicine
• Ethambutol
• Pyrazinamide
• streptomycine

37
Détection moléculaire de la résistance aux anti-
tuberculeux chez les mycobactéries du complexe
tuberculosis

• PCR hybridation
• Détection de la résistance à 2 anti-tuberculeux
  majeurs
• Rifampicine (mutation dans le gène rpoB)
• Isoniazide (mutation gènes katG et inhA)

D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, 2005.
38
9) Quel sera le traitement et le suivi ?

• Déclaration obligatoire
• Isolement  malade contagieux
• Précautions
• Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs)
• Masque chirurgical anti-projection ( pour le
  patient lors de visites ou déplacements)
• - Traitement classique de la tuberculose maladie
  
• isoniazide rifampicine éthambutol
  pyrazinamide
• Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4
  mois bithérapie
• - Suivi contrôle 3 BK crachats 3 semaines après
  la mise sous traitement antituberculeux si -
  levée de isolement.

39
Evaluez vous (1)

• Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer,
  en France depuis 6 mois,
• consulte pour fièvre intermittente, toux et
  dyspnée, altérationde létat général,
  amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois
• Radio de thorax présence dune opacité dans
  lapex gauche mal systématisée

• Quel diagnostic évoquez vous en priorité ?
• Tuberculose pumonaire origine africaine,
  conditions socio-économiques modestes, AEG
• Comment le confirmer ?
• mise en évidence de BAAR à lexamen direct des
  expectorations en coloration de Ziehl-Nielsen ou
  Auramine , identifié comme étant Mycobacterium
  tuberculosis en culture
• Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis
  ( avec un examen direct négatif) fréquent

40
Evaluez vous (2)

• Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer,
  en France depuis 6 mois,
• consulte pour fièvre intermittente, toux et
  dyspnée, altérationde létat général,
  amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois
• Radio de thorax présence dune opacité dans
  lapex gauche mal systématisée

• Vous décidez dhospitaliser votre patient,
  quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous
  lever ces mesures?
• Isolement en chambre seule, masque de type FFP2
  pour toute personne entrant dans la pièce
• Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines
  de traitement efficace si patient bacillifère
  initialement (expectorations de contrôle).
• Déclaration obligatoire
• Quel traitement débutez-vous?
• INHRIF ETH PZA 2 mois puis INH RIF 4 mois
  suivants

41

• Le 04 décembre, un patient de 35 ans est
  hospitalisé pour une fièvre dapparition brutale,
  toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48
  heures auparavant. Létat du patient est jugé
  sévère indiquant une admission en réanimation
  médicale pour pneumopathie.
• Quel diagnostic doit-on évoquer ?
• Comment prouver cette hypothèse  ?
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques
  ? 

42

• Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite
  est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007
  dans un service de Pédiatrie.
• Quelle est létiologie la plus fréquente des
  bronchiolites hivernales du nourrisson ?
• Comment prouver cette hypothèse  ?
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques
  ? 

43
Infections virales respiratoires
Virus influenza Virus respiratoire syncytial
(VRS) Virus parainfluenza (PIV) Metapneumovirus
(hMPV) Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus Coronav
irus Adénovirus Bocavirus humain Polyomavirus KI
WU Mais aussi virus Herpesviridae (HSV1, CMV,
HHV-6, VZV) - Rougeole
Rhinite
ARN
Pharyngite/laryngite
Trachéite
Bronchite
ADN
Pneumonie
44
Associations Virus-symptômes
Diagnostic étiologique clinique difficile
Rhinite Rhino, Corona Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV
Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus
Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv,
Bronchite Rhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona
Bronchiolite VRS, hMPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro
Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV
Syndrome grippal Influenza Tous

• Etiologie et symptomatologie variables également
  en fonction de
• Epidémiologie (saison, région)
• Population (enfant, adulte)
• Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO)
  Immunodépression)

45
Symptomatologie grippe

• Fièvre gt 38C
• Début brutal
• Asthénie
• Myalgies
• Frissons
• Céphalées
• Toux
• Rhinite
• Expectoration
• Pharyngite
• Otite
• Troubles digestifs

gt 80

60 - 80
40 - 60
lt 20
Syndrome grippal grippe ou autres virus Grippe
sans syndrme grippal possible
46
Surveillance épdidémiologique

• Réseau Sentinelles
• http//websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/
• Surveillance clinique
• Fièvre brutale gt 39C, myalgies, signes
  respiratoires
• 1300 médecins généralistes libéraux volontaires
• Réseau GROG Groupes Régionaux dObservation de
  la Grippe
• http//www.grog.org/
• Surveillance virologique
• Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests
  de détection unitaire (immunochromatographie) par
  des médecins généralistes et pédiatres

47
Réseau Sentinelles
Syndromes grippaux Nb de cas / 100 000 habitants
Semaine 01 2013
48
GROG France Métropole
Analyse régionale
Semaine 01 2013
49
Indications diagnostiques
Infection respiratoire communautaire bégnine
pas de diagnostic virologique

• Formes graves ou chez les personnes à risque
• Grippe (recommandations du COREB)
• Groupement de coordination de la gestion du
  risque épidémiologique et biologique
• http//www.infectiologie.com/site/medias/alertes/g
  rippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf
• Bronchiolite à VRS du nourrisson
• Pneumonies virales de limmunodéprimé
• Adapter le traitement anti-infectieux
• Mise en œuvre de mesures disolement

50
Méthodes de prélèvement
Virus parasite intra-cellulaire

• Sécrétions nasales
• Lieu de réplication initiale des virus
  respiratoires
• Aspiration nasopharyngée (/- lavage )
• Plus difficile chez ladulte (moins de sécrétions
  charges virales plus faibles)
• Ecouvillonnage nasopharyngé
• simple à réaliser que laspiration mais recueil
  dune quantité de cellules plus faible
• Qualité du prélèvement ? formation du
  personnel aux pvts
• Eventuellement
• Sécrétions trachéobronchqiues
• Lavage bronchoalvéolaire
• Prélèvements non recommandés
• Expectorations
• Crachats
• Ecouvillonage buccal ou pharyngé

51
Méthodes de prélèvement

• Aspiration nasopharyngée
• Prélèvement riche en cellules
• Mise en œuvre /- difficile
• Difficultés extraction des acides nucléiques
• Prétraitement / Protéinase ? délai
• Tractus respiratoire supérieur

52
Méthodes de prélèvement

• Ecouvillonnage nasopharyngé
• Qualité du pvt Virus intracellulaire
• Mise en œuvre facile et rapide
• - possible au cabinet médical
• Extraction des acides nucléiques facile
• Tractus respiratoire supérieur
• Sensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité
  du pvt
• Ecouvillon spécifique (nylon floqué)

53
Jérôme Le Goff
54
Diagnostic virologique Examens

• Techniques rapides
• Biologie moléculaire
• Cultures cellulaires ?
• Sérologie

55
Tests rapides unitaires Immunochromatographie
Résultats 15 min
Grippe A/B
VRS

• Sensibilité variable en fonction des tests
• Attention aux nouveaux variants
• Moins sensible que la biologie moléculaire
• Autres virus ?

56
Tests rapides Immunofluorescence

• Ac monoclonaux ? virus respiratoires  usuels 
• ? Influenza A
• ? Influenza B
• ? Para-influenza 1-3
• ? Adénovirus
• ? VRS
• ? Métapneumovirus
• ? Rougeole

Résultats lt 3H
57
Biologie moléculaire

• PCR temps réel ciblée ou duplex
• - Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus,
  hMPV, Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus,
  Bocavirus
• - HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 (LBA Idpé)
• - Rougeole
• PCR multiplex ? 20 pathogènes en 1 ou 2 réactions
• Délai technique 1H30 9H
• Développement de systèmes totalement intégrés
• (extraction, amplification, détection,
  interprétation)
• Coût des techniques multiplex 30 ? 300 euros

58
Diagnostic intégré Genexpert Diagnostic de la
grippe
Echantillon
Extraction Amplification 1H15
Réactifs
59
Diagnostic intégré Biofire FilmArray?
Diagnostic tous virus respiratoires
RT-PCR multiplex unitaire permettant la
détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries
Résultats en 75 minutes
60
Evaluez-vous

• Quels sont les examens virologiques utiles au
  diagnostic de la grippe humaine saisonnière?
• Sérologie
• Western-blot
• Test rapide par immunofluorescence, sur
  aspiration naso-pharyngée
• Test rapide sur bandelette, sur aspiration
  naso-pharyngée
• PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur
  aspiration naso-pharyngée

61
Evaluez-vous

• Quel prélèvement permet le diagnostic virologique
  d'une bronchiolite du nourrisson ?
• Prélèvement nasopharyngé
• Prélèvement sanguin
• Prélèvement d'urine
• Prélèvement de selles
• Prélèvement de LCR

62

• Le 04 décembre, un patient de 35 ans est
  hospitalisé pour une fièvre dapparition brutale,
  toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48
  heures auparavant. Létat du patient est jugé
  sévère indiquant une admission en réanimation
  médicale pour pneumopathie.
• Quel diagnostic doit-on évoquer ?
• Grippe (Influenza)
• Comment prouver cette hypothèse  ?
• Aspi Nasopharyngée Ecouvillon endonasal IF -
  PCR
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques
  ?
• Autres virus respiratoires infection bactérienne

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• Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite
  est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007
  dans un service de Pédiatrie.
• Quelle est létiologie la plus fréquente des
  bronchiolites hivernales du nourrisson ?
• VRS
• Comment prouver cette hypothèse  ?
• Aspi Nasopharyngée IF - PCR
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques
  ?
• Autres virus hMPV, Rhino